In seguito al terremoto del 1349 fu ricostruito, circa quattro anni più tardi, il presbiterio, già crollato nel 1315 e ricostruito; intorno alla prima metà del XV secolo fu terminata la straordinaria facciata a terminazione orizzontale la cui costruzione era cominciata agli inizi del Trecento. Questa rappresenta uno degli elementi di maggior interesse ed impatto monumentale dell'edificio sacro, mostrandosi nella sua veste quattrocentesca e sostanzialmente indenne dai successivi interventi che hanno invece coinvolto molteplici parti dell'edificio. Interamente rivestito in pietra locale bianca e rosa, abilmente incastonata in un gioco policromo e geometrico, il prospetto principale risulta suddiviso in due ordini da una cornice a mensole. Nella parte superiore spicca in posizione centrale il raffinatissimo rosone a doppio giro di colonnine e archetti trilobati. Tale volume è scandito in tre porzioni da due paraste; interessante peculiarità a riguardo è la dimensione del terzo laterale sinistro, più stretto rispetto a quello destro, che riesce a produrre da lontano l'effetto ottico di simmetria, non raggiungibile in altro modo. Nell'ordine inferiore si aprono tre portali romanici e altri due rosoni, di dimensioni minori rispetto a quello centrale. Una cornice cosmatesca a motivi geometrici separa i rosoni dai portali piegandosi a seguire l'archivolto del portale di centro. Quest'ultimo esprime un gusto gotico attraverso i timpani cuspidati, le colonne tortili ed i pinnacoli. L'archivolto si articola in cinque scansioni a semiluna decorate con figure angeliche, tortiglioni e motivi vegetali ed animali; al centro una lunetta con affresco della Madonna con Bambino. Sul fianco sinistro della basilica si apre la Porta Santa, così denominata nel XV secolo, in analogia con le porte sante romane legate ai riti dell'Anno Santo; essa risale al periodo appena precedente al 1397, anno di realizzazione dell'affresco contenuto nella lunetta, opera di Antonio da Atri, raffigurante la Vergine col Bambino tra San Giovanni Battista e San Pietro Celestino che mostra la Bolla della Perdonanza. Sopra l'archivolto è posto uno stemma raffigurante un'aquila, simbolo della città. Ogni anno dalla sera del 28 a quella del 29 agosto la porta si apre per l'annuale Giubileo aquilano, durante il quale è attraversata da una continua folla di fedeli dediti a confessioni, veglie di preghiera e celebrazioni liturgiche. Tornando alle vicende costruttive ed in particolare a quelle che si ricollegano ad un influenza barocca all'interno di tale chiesa, è da rilevare una totale reinterpretazione stilistica e spaziale iniziata intorno alla metà del Seicento e terminata dopo il terremoto del 1703. Si partì con l'arricchire il transetto inserendovi due grandi altari per poi giungere ad un radicale rivestimento barocco del resto degli interni. Le colonne ottagonali furono coperte da pilastri cruciformi, le ogive vennero trasformate in archeggiature a tutto sesto, un ordine di paraste frontali venne posto a sostegno di un cornicione con attico sovrastante, tutto riccamente decorato con angeli, putti, volute e festoni in stucco. A chiudere in alto il maestoso spazio fu realizzato un magnifico soffitto piano a cassettoni romboidali dipinto con i colori dell'azzurro, rosso e oro. Anche per le navate laterali si scelsero soffitti piani, mentre il transetto venne coperto con un ricco insieme di volte e stuccature. Nel 1673 si passò all'abside maggiore la cui stuccatura venne affidata all'aquilano Francesco Bedeschini, importante protagonista della reinterpretazione barocca di Collemaggio. Il suo è un barocco tipicamente seicentesco, caratterizzato da marcata plasticità e consistenza, con il quale furono decorate anche la navata maggiore e la facciata interna sopra il portale d'ingresso. Importante vicenda costruttiva che, al pari di numerosi edifici sacri aquilani, coinvolse anche la basilica di Collemaggio, fu la ricostruzione dovuta al terremoto del 1703. Dopo il sisma l'organismo seicentesco delle navi rimase sostanzialmente intatto, mentre la zona presbiteriale fu quasi del tutto distrutta e con essa gran parte della ex-cappella di Celestino e alcune zone del monastero. I lavori di ricostruzione iniziarono immediatamente grazie al sostegno finanziario delle case celestine di tutta Europa e all'impulso dell'Abate sulmonese Ludovico Quatrari. Vennero riedificate le strutture crollate, il transetto venne ricostruito con l'attuale cupola a calotta e decorato con nuovi stucchi dal carattere più snello e filiforme, pertanto di gusto differente dai precedenti seicenteschi, più corposi e movimentati. Nel 1705 si iniziò la ricostruzione delle volte sulle navate minori e della parte mancante del soffitto della nave grande; a questo intervento si riferisce la data 1709 posta in chiave all'arco trionfale maggiore. Sempre nel 1709 venne restaurato l'organo dorato con il suo parapetto ondulato e la struttura delle canne ornata con colonne scanalate e capitelli corinzi chiusi in alto da statue, fiaccole, anfore, festoni ed una corona alla sommità. Nel 1715 venne commissionata a Panfilo Ranalli di Pescocostanzo e a Berardo Ferradini di Milano la realizzazione del nuovo altare maggiore, delle balaustre all'ingresso delle absidi, del pavimento e delle zoccolature nella cappella di S. Pietro Celestino. I lavori di completamento proseguirono comunque per tutto il secolo; a questa successiva fase appartengono ad esempio gli altari laterali tardo-barocchi (1755 ca.). Tra il 1969 ed il 1972 Collemaggio è stata sottoposta ad un importante e discusso intervento di restauro, diretto dall'architetto Moretti, che ha smantellato la veste barocca al fine di ripristinare l'originario assetto medievale. Ad essere eliminati furono sia i pregevolissimi interventi seicenteschi che quelli, altrettanto interessanti, del secolo successivo, compresa la meravigliosa soffittatura. Furono conservate solo le qualificazioni barocche dell'area presbiteriale e il grande organo, trasportato nella navata destra. Tale intervento di restauro è stato da diversi studiosi ed esperti drasticamente criticato, poiché non si è trovata nell'eliminazione del ridisegno barocco una vera ed originale riconquista dell'organismo medievale, ma piuttosto la perdita di un prodotto artistico di alta qualità, che aveva saputo reinterpretare lo spazio in maniera nuova, intensa, plastica. Seguendo tale critica, il dato originario era stato rinnovato e arricchito secondo un'autonoma interpretazione formale realizzata rispettando le precedenti strutture spaziali e dunque degna di essere in esse conservata. Il restauro ha riportato comunque alla luce una serie di affreschi degli altari ogivali posti all'interno delle murature delle pareti laterali, tra cui meritano di essere segnalate la Crocifissione e la testa di una Santa Monaca, eseguite da Antonio da Atri, tra la fine del XIV e gli inizi del XV secolo. Sulle pareti laterali sono esposte, tra le altre, le pregevoli tele di Carlo Ruther (1603-1703 ca.) con scene della vita di CelestinoV. All'interno della basilica sono custodite le spoglie di S. Pietro Celestino; il mausoleo in marmo, capolavoro dell'arte rinascimentale, fu realizzato da Girolamo da Vicenza nel 1517 a spese dell'Arte della Lana, la più importante organizzazione corporativa della città. Sul lato destro della chiesa si accede al chiostro, caratterizzato da un bellissimo porticato con al centro una fontana monumentale. L'antico refettorio è stato trasformato in sala Celestiniana, stupendamente affrescata.