Nella cappella di sinistra sono ancora visibili alcuni affreschi che l'Antonini ha erroneamente ricondotto all'intervento dei pittori Giovan Francesco delle Palombelle e Marimpietro di Giovan Marino Ciccaroni. È noto infatti che i soggetti rappresentati dai due artisti riguardassero scene relative alla passione di Cristo, mentre nella cappella sinistra, i dipinti da pochi anni restaurati, raffigurano temi legati alla Vergine, come l'Annunciazione e l'Incoronazione. L'ampia navata della chiesa cinquecentesca era coperta con la volta a botte lunettata, che ancora oggi si cela dietro le eleganti decorazioni a stucco settecentesche. All'esterno la facciata con il coronamento triangolare e il portale timpanato, testimoni del grado di maturità raggiunto dal linguaggio rinascimentale in ambiente aquilano, presenta un paramento in pietre da taglio interrotto dal rosone decorato nella cornice con ovuli, dentelli e fogliette realizzati nel 1566. Nell'arco della prima metà del Seicento, il grande fervore devozionale riservato fino al secolo precedente all'immagine della Vergine della Misericordia andò lentamente scemando finché, in concomitanza con la terribile epidemia di peste del 1656, l'olio santo delle lampade dell'altare della Misericordia non cominciò a produrre inaspettate e miracolose guarigioni che ingenerarono afflussi continui di fedeli e copiosi lasciti ed elemosine, utilizzate per il restauro della chiesa. Nel terremoto del 1703 la chiesa della Misericordia non dovette subire danni tali da richiederne una radicale ricostruzione. Ciò non impedì però che si intervenisse ponendo in atto un radicale ripensamento delle preesistenze cinquecentesche in accordo con la nuova sensibilità spaziale e decorativa barocca. Nell'intervento settecentesco, con la chiusura delle nicchie e il tamponamento dei varchi laterali delle due cellule spaziali del presbiterio, si è ottenuto un vano fortemente unitario con la sola articolazione absidale, rimarcata dall'arco trionfale. Il disegno delle pareti laterali è stato affidato ad una teoria di paraste corinzie ribattute, poste in corrispondenza dell'attacco dei lunettoni della volta sovrastante, ad inquadrare i sei altari laterali (tre per lato) incorniciati da gruppi di delicatissime lesene e controlesene che sorreggono una trabeazione curvilinea, affiancata da specchiature laterali. L'intera aula è fasciata da una trabeazione continua al di sopra della quale si aprono ampi finestroni rettangolari con timpano semicircolare a sesto ribassato e decorazione a stucco, composta da putti con ghirlande di fiori. Secondo l'Antonini la decorazione a stucco dei finestroni, molto ricca e fortemente chiaroscurale, è da ricondursi ad un precedente intervento seicentesco, sulla scorta delle somiglianze ravvisabili con opere del medesimo periodo. All'ultimo quarto del Settecento è invece da riferirsi la realizzazione degli attuali altari e della decorazione filiforme a stucco di gusto rococò che invade la volta dell'aula.