Il completamento della decorazione si protrasse per tutto il XVII secolo fino alla grave interruzione causata dal terremoto del 1703, a seguito del quale anche San Filippo, come molte altre chiese aquilane, riportò seri danni; in particolare furono coinvolti il tetto della navata, la cupola ottagonale, il campanile e le statue di evangelisti della crociera. I lavori di ricostruzione dovettero iniziare intorno al 1708, secondo le informazioni contenute nelle perizie tecniche e nei preventivi di spesa per le operazioni di restauro redatti negli anni appena successivi al sisma. Si può inoltre affermare che agli inizi del XVIII secolo le strutture principali erano completate, mancando ancora la facciata, come già affermato mai più eseguita, e l'altare maggiore. Terminate erano pure le cappelle laterali e in fase di lavorazione erano i due altari agli estremi del transetto. Dalla ricostruzione emerge in maniera piuttosto evidente la novità dell'impianto: un'aula ad asse traverso, con due sole cappelle laterali e presbiterio cupolato. L'organismo è ottenuto attraverso l'assemblaggio di gruppi spaziali diversi mediati dall'arcone trionfale di raccordo tra navata e cupola. Il risultato è un sistema a sala vario ed articolato i cui spazi comunicano una certa tendenza alla centralità. Il modello tipologico di base è stato ricondotto ai due più alti esempi del San Pantaleo a Roma di Giovanni Antonio de Rossi (1680) e del Gesù di Ancona del Vanvitelli (1743). La connotazione barocca dell'edificio aquilano si mostra però meno pura, riaffiorando in essa di tanto in tanto elementi della cultura manierista che l'ignoto realizzatore del San Filippo sembra non voler mai abbandonare completamente. Tale lieve contraddizione si evidenzia tanto nell'apparato decorativo quanto in quello strutturale, nei quali elementi inequivocabilmente barocchi sono tenuti insieme da un linguaggio di impronta ancora cinquecentesca. Lo si nota, ad esempio, nella cappella i cui volumi sono sì slanciati tanto da provocare una interruzione nella continuità tra la cappella e la zona absidale, ma non tanto da rientrare a pieno nella sintassi barocca alla quale la struttura dovrebbe far riferimento. Lo stesso utilizzo di due cappelle laterali anziché tre suggerirebbe una certa disarmonia nell'andamento delle proporzioni. Volendo però prescindere da tali eventuali incongruenze di stile è comunque innegabile l'esemplarità della soluzione dell'impianto aquilano, utilizzata probabilmente per risolvere un'architettura posta trasversalmente rispetto alla dimensione dell'isolato e che troverà utilizzo in città in impianti con la stessa impostazione. A caratterizzare in maniera propriamente barocca l'edificio del San Filippo sono gli altari, i due collocati nel transetto e i quattro delle cappelle laterali, tutti accomunati dall'elemento del coronamento: un timpano spezzato curvilineo, sormontato da una targa coperta a sua volta da un timpano più piccolo. Negli altari del transetto sono inoltre presenti due grandi statue di santi poste ai lati della zona inferiore. Un riferimento a parte merita l'altare maggiore, realizzato dopo il 1715 e completamente intriso di elementi del tardo o tardissimo Barocco: una pianta ad andamento concavo, colonne binate ed una evidente cura della zona superiore. Indubbio sembra il richiamo alle impostazioni spaziali di Carlo Fontana, molti allievi del quale operarono a L'Aquila nei primi anni del secolo XVIII: tra questi Sebastiano Cipriani, Carlo Buratti e Francesco Fontana. Affiancati alla chiesa e contemporaneamente ad essa furono edificati il convento dei Filippini ed un oratorio dei laici. Nel 1862 l'ordine dei Filippini fu soppresso e la chiesa con il suo complesso dopo essere passata per un breve periodo ai Redentoristi venne chiusa al culto e confiscata dal Comune. Oggi l'edificio è sede di un teatro.