Il progetto del nuovo edificio, risorgente dalle quattrocentesche fondamenta, fu affidato all'architetto romano Giovan Battista Contini, la cui opera, assieme a quella di un gruppo di professionisti suoi concittadini (Fuga, Fontana, Cipriani, Buratti, Barigioni), testimonia la presenza di cantieri romani in un Abruzzo sei-settecentesco dominato dall'impronta impressa dai mastri lombardi. Riguardo la portata dell'intervento del Contini in San Bernardino qualche dubbio è stato avanzato da alcuni studiosi secondo i quali l'architetto sarebbe intervenuto solo successivamente e per una consulenza tecnica generale su di un progetto già redatto da architetti locali, cui dunque si dovrebbe l'elaborazione propriamente architettonica. A ciò si aggiungerebbe un ulteriore intervento, quello del Barigioni, che intorno al 1730 forniva una conclusiva reinterpretazione plastica e consolidava la cappella dedicata al Santo. Dal punto di vista architettonico l'intervento settecentesco inserisce, sul preesistente impianto longitudinale, un asse trasversale sul quale viene collocato il mausoleo del Santo che, posto sulla nave laterale e sopraelevato di cinque gradini, crea una seconda chiesa con relative navate ai lati. La basilica risulta conseguentemente composta da quattro fondamentali spazi: l'aula absidale, al cui interno trovano collocazione il coro e l'altare maggiore, la pianta centrale cupolata, l'organismo trasversale con la cappella del Santo e le tre navi con le cappelle laterali. Un'ulteriore rilevante modifica settecentesca riguardò proprio le cappelle laterali che, se originariamente creavano lungo le fiancate una ricca articolazione, conferita dalla sporgenza delle loro volumetrie poligonali, nella successiva ricostruzione vennero uniformate all'esterno con un semplice muro rettilineo. Innegabile conseguenza di tale appiattimento fu un vuoto estetico che si volle, forse, compensare con l'inserimento sul lato sinistro di un movimentato portale in pietra contornato da un sistema di colonne e lesene disposte su piani aggettanti e concluso in alto da un fastigio di fregi e cornici curvilinee spezzate. Oggi San Bernardino si presenta dunque formato da un corpo longitudinale a tre navi con sei cappelle per ciascun lato, un corpo centrale a pianta ottagonale contornato da cappelle radiali e chiuso in alto da un'alta cupola e un'abside allungata. A rappresentare la ricchezza dello stile barocco è tutto l'interno dell'edificio: lo spazio è scandito da possenti pilastri con addossate alte lesene; l'intera navata centrale è coperta da un meraviglioso soffitto ligneo intagliato, dorato e dipinto (1724-26), le cui elegantissime forme sono arricchite da un grande emblema di Cristo e da tre dipinti di Girolamo Cenatiempo raffiguranti L'Assunta con i SS. Bernardino e Giovanni da Capestrano e due episodi della vita del Santo. Il soffitto è opera di Ferdinando Mosca di Pescocostanzo, artefice pure del fastoso organo dorato posto sulla controffacciata. L'intero ambiente è rifinito da sontuosi stucchi, frutto dell'intervento decorativo del già citato Barigioni. Pur se non appartenenti ad epoca barocca sono ugualmente da segnalare, per il loro indubbio pregio, alcune opere contenute nella basilica: due tra le più rappresentative opere di Silvestro dall'Aquila, il monumentale mausoleo di San Bernardino (1505) ed il monumento funebre di Maria Pereyra Camponeschi (1488-90); una grande e bellissima pala d'altare in terracotta smaltata di Andrea della Robbia (primi del '500); una serie di pregevoli dipinti di Rinaldo Fiammingo, Giulio Cesare Bedeschini e Pompeo Cesura.