La pianta è rettangolare ad aula unica coperta da volta a botte ed affiancata da tre profonde cappelle per lato, intermezzate da setti murari scanditi da coppie di paraste corinzie scanalate. Interessante risulta l'alternanza tra i vuoti delle cappelle e le parti murarie, una articolazione nota come "travata ritmica". Gli stucchi delle pareti della navata e delle volte delle cappelle hanno creato una decorazione plastica che conferisce alla chiesa il suo carattere barocco, il quale risalta ancora maggiormente se posto a confronto con l'impianto architettonico di evidente impronta cinque-seicentesca. Piuttosto arrangiata risulta la parete absidale, frutto di una soluzione di comodo finalizzata a colmare al meglio la lacuna creata dalla mancata realizzazione del vano absidale. La parete è tripartita in verticale dalle medesime paraste presenti nel resto dell'aula, al centro vi è una nicchia contenente un Sacro Cuore, mentre le bande laterali sono quasi completamente riempite da due grandi dipinti incorniciati, raffiguranti S. Margherita Alacoque e il Beato Claudio de la Colombiére, propagatori della devozione al Sacro Cuore, cui l'altare maggiore antistante è dedicato. La controfacciata è invece occupata da un organo con cantoria a tre snelle arcate su esili colonne marmoree, realizzata nel 1717 da Gaetano Antonucci. Ricche di decorazioni in stucco e di dipinti le cappelle; degna di nota la cappella dedicata a S. Ignazio di Loyola, contenente un quadro di Gregorio Grassi raffigurante la Visione di S. Ignazio e gli affreschi di Girolamo Cenatiempo con due episodi della vita del Santo. Nella seconda cappella a sinistra vi è una tela del Damini del 1740 ritraente la Sacra Famiglia e affreschi del Cenatiempo con S. Giovanni nell'atto di descrivere il trionfo dell'Agnello, il Sogno di S. Giuseppe e L'Annunciazione. Quando sopraggiunse il terremoto del 1703 a L'Aquila la chiesa del Gesù doveva essere appena terminata e l'edificio non riportò gravi danni in seguito all'evento. Da ciò è possibile affermare che non esiste quasi soluzione di continuità tra le opere seicentesche di decorazione plastica e di affresco e quelle di riparazione, completamento ed abbellimento del primo Settecento. In questa chiesa riposano le spoglie del secondo protettore della città S. Equizio Abate, qui trasferite dalla distrutta chiesa di S. Lorenzo di Pizzoli. Oggi l'edificio è sede della Cappella Universitaria dell'Università dell'Aquila.